Cet art ninja demande une maîtrise parfaite de son chakra afin de pouvoir contrôler les marionnettes et les mouvoir en tout sens. Pour se faire, il faut user du chakra et l’allonger jusqu’à création de fils pour faire communiquer marionnettiste et marionnette (comme sur l’image ci-dessous):

Les ninjas qui maîtrisent le Kugutsu no Jutsu bougent chacun les doigts de manière spécifique pour que leur marionnette se meuvent de la façon désirée. En définitive, c’est en tirant un fil que l’on déplace telle partie du corps du pantin. Ce n’est pas beaucoup plus évolué comme concept que le traditionnel « Guignol et les marionnettes » que nous allions voir à la kermès quand nous étions gosse. Dans Naruto, la seule différence est que le support sur lequel sont fixés les fils devient la main au lieu d’un cintre en bois. A un niveau plus élevé, l’adepte de la manipulation des marionnettes peut diriger des pantins par toutes les extrémités de son corps (genou, coude, épaules…) et mettre plusieurs fils de chakra sur le même doigt.
On s’imagine bien la complexité de pareilles pratiques, mais nous pouvons vous assurer que le rendement y est, à tel point qu’un marionnettiste n’utilise aucune autre arme que ses pantins, il est le généralement faible dans toutes autres pratiques classique du ninja.

A titre indicatif, les fils de chakra peuvent être employés aussi sur l’être humain.